Od 2018. godine Evropska unija je Bosni i Hercegovini, u saradnji s IOM-om, UNHCR-om i UNICEF-om, osigurala skoro 150 miliona eura za upravljanje migracijama. Ova sredstva namijenjena su za smještaj, zdravstvenu njegu, ishranu, zaštitu ranjivih kategorija i jačanje administrativnih kapaciteta.
U početnim fazama migrantske krize, IOM je otvorio privremene prihvatne centre širom zemlje. Otvaranje Tranzitno-receptivnog centra Lipa 2021. godine označilo je početak rada prvog centra pod upravom državnih institucija, čime je kapacitet prijema povećan na 4.592 kreveta. U avgustu 2025. godine, upravljanje najvećim centrom u BiH – TRC Blažuj – preuzela je Služba za poslove sa strancima.
IOM godišnje distribuira oko milion obroka, a migrantima je obezbijeđen jednak pristup zdravstvenim uslugama kroz saradnju s domovima zdravlja u Sarajevu i Bihaću, te bolnicama u tim gradovima. Postepeno, pružanje usluga poput ishrane, higijene i distribucije neprehrambenih potrepština preuzima domaća administracija.
Organizacija je, pored toga, podržala jačanje granične kontrole kroz nabavku opreme, obuku novih kadeta, osiguravanje smještaja za službenike, kao i infrastrukturne projekte u Unsko-sanskom kantonu i Kantonu Sarajevo, s ciljem boljeg pristupa javnim uslugama i jačanja socijalne kohezije.
U maju 2025. formirana je tripartitna Međuresorna radna grupa za tranziciju, čime je unaprijeđena koordinacija institucija i postavljen temelj za migracijski sistem u BiH kojim upravljaju domaće vlasti, u skladu s međunarodnim standardima i potrebama lokalnih zajednica.